Bonjour Jean pierre,
Il n'y a pas d'incompatibilité entre l'arrêt maladie et le statut d'auto-entrepreneur.
Mais il faut respecter ses obligations en tant que salarié ! En effet, le salarié en arrêt maladie est toujours astreint à une obligation de loyauté vis-à-vis de votre employeur.
Il faut donc vérifier que le contrat de travail de votre fils l'autorise à exercer une activité indépendante (voir les clauses de confidentialités et d'exclusivité).
S'il créé une activité similaire à celle exercée dans l'entreprise, il faut obtenir l'autorisation de l'employeur, et ne pas pratiquer de concurrence deloyale (ex : démarcher les clients de l'employer
Il faut enfin respecter les conditions de l'arrêt, c'est-à-dire ne pas pratiquer d'activité heurtant manifestement l'incapacité de travail (ce pourquoi il est en arrêt), et respecter les horaires de sorties imposées par l'arrêt de travail (il doit être à son domicile de 9h à 11h et de 14h à 16h, sauf en cas de soins ou d'examens médicaux)
Bonne journée